أصدر الأزهر الشريف بيانا على ما صدر من الدكتور يوسف القرضاوي بحق شيخ الأزهر في بيان له قال فيه: إن ما حدث انقلاب عسكري استعان فيه الفريق السيسي بمَن لا يمثلون الشعب المصري، وذلك بحسَب تعبيره- ذاكرًا من بينهم فضيلة الإمام الأكبر أ.د أحمد الطيب، شيخ الأزهر الشريف.
وقال الأزهر في بيانه: ولا يسَعُنا إلا أن نبين الحقائق التالية: لا يصعُب على عوامِّ المثقفين ممَّن اطَّلعوا على فتوى فضيلة الدكتور يوسف القرضاوى، أنْ يستقرئوا ما فيها من تعسُّف في الحكم، ومجازفة فى النَّظَر؛ باعتبارِه خروجَ الملايين من شعبِ مصر فى الثلاثين من يونيو بهذه الصورة التى لم يسبقْ لها مثيلٌ انقلابًا عسكريًّا.
أولاً: لم يكن فضيلة الإمام الأكبر شيخ الأزهر ليتخلف عن دعوة دُعِى لها كل القوى الوطنية والرموز السياسية والدينيَّة بما فيها حزب الحرية والعدالة نفسه فى لحظة تاريخية بلغت فيها القلوب الحناجر، وفى موقف وطنى يُعَدُّ فيه التخلُّف خيانة للواجب المفروض بحكم المسؤولية، وذلك استجابةً لصوت الشعب الذى عبَّر عن نفسه بهذه الصورة السلمية الحضارية، والتى لم تفترق عن الخامس والعشرين من يناير فى شيء.
ثانيًا: فتوى الدكتور يوسف القرضاوى، إنما تعكس فقط رأى من يؤيدهم، وأكثر ما كان وما زال تقاتُل الناس حول الحكم والسياسة باسم الدين، وكما قال الشهرستاني: "ما سُلَّ سيفٌ فى الإسلام على قاعدة دينية مثل ما سل على الإمامة فى كل زمان".
والإمام الأكبر أكبرُ من أن يقفَ مع طائفةٍ ضد طائفةٍ، والجميع يعلم كم سعى وكم جاهد للحَيْلولة دون الوصول إلى هذه النُّقطة الحرجة التى لطالما حذَّر منها، ولم يعبأ بها أحد، ويجب أن يُسأل عنها كل مَن أوصل البلاد إلى هذه الحافَّة، وليراجع كل من لا يعلم البيانات الأخيرة التى صدَرت فى هذه الفترة ليتبيَّن له ذلك، فضلاً عن المساعى والمواقف التى يعلمها الله ويعلمها مَن عاهدوا تلك المساعى من الشرفاء من رموز الأمَّة.
ثالثًا: إن موقف الإمام الأكبر إنما كان ولا زال نابعًا من ثوابت الأزهر الوطنية، التى تعد من مقاصد الشريعة، ومعرفته العميقة الثاقبة للنصوص الشرعية بإنزالها على حُكم الواقع لا بعزلها عنه، مع ضمان المحافظة على الثوابت والقواعد، فالعارف هو العارف بزمانه، وليس العارف هو الذى يميز بين الخير والشر، إنما العارف هو الذى يميز بين أى الخيرين شر، وأى الشرين خير.
رابعًا: إن ما ورد بعد ذلك فى هذه الفتوى من ألفاظ وعبارات وغمز ولمز لا تنبئ إلا عن إمعان فى الفتنة، وتوزيع لمراسم الإساءات على رُبوع الأمة وممثِّليها ورموزها، فإن الأزهر الشريف يعفُّ عن الرد عليها أو التعليق؛ {قُلْ كُلٌّ يَعْمَلُ عَلَى شَاكِلَتِهِ فَرَبُّكُمْ أَعْلَمُ بِمَنْ هُوَ أَهْدَى سَبِيلًا} الإسراء: 84.